[Stellenangebote] Masterarbeit zu vergeben / master thesis available

[Scholz, Carolin]

*** for Englisch see below ***





Das Leibniz-IZW ist ein international anerkanntes Forschungsinstitut. Es gehört zum Forschungsverbund Berlin e.V. und ist Mitglied der Leibniz-Gemeinschaft. Unser Ziel ist es, die Anpassungsfähigkeit von Wildtieren im Kontext des globalen Wandels zu verstehen und zum Erhalt von gesunden Wildtierbeständen beizutragen. Dafür erforschen wir die Vielfalt von Lebenslauf-Strategien, die Mechanismen der evolutionären Anpassungen und ihre Grenzen - inklusive Wildtierkrankheiten - sowie die Wechselbeziehungen zwischen Wildtieren, ihrer Umwelt und dem Menschen. Wir setzen Expertise aus Biologie und Veterinärmedizin in einem interdisziplinären Ansatz ein, um Grundlagen- und angewandte Forschung - von der molekularen bis zur landschaftlichen Ebene - in engem Austausch mit Stakeholdern und der Öffentlichkeit durchzuführen. Darüber hinaus stellen wir einzigartige und hochwertige Dienstleistungen für die Wissenschaftsgemeinschaft bereit.

Für die Abteilung Evolutionäre Ökologie (Arbeitsgruppe BatLab) vergeben wir eine unbezahlte Masterarbeit zum Thema:

"Assessment of COI and 16S for insect species identification to determine the diet of city bats"

Aufgaben

Cytochrom c-Oxidase I (COI) ist ein leistungsfähiger Marker für das DNA-Barcoding von Tieren, der eine gute taxonomische Auflösung und eine große Referenzdatenbank aufweist. Bei der Verwendung für das DNA-Metabarcoding sind die Schätzung der Häufigkeit von Taxa und die Erkennung von Arten jedoch aufgrund der Verzerrung durch Primer, die durch hochvariable Primer-Bindungsstellen im COI-Gen verursacht werden, begrenzt. Studien zeigen vermehrt, das 16S eine gute Alternative ist, wenn es darum geht, den Primer-Bias zu reduzieren und eine bessere taxonomische Auflösung zu erhalten, jedoch fehlen lokale Referenzdatenbanken.

Eine der Hauptaufgaben innerhalb dieses Projekts ist es daher, eine solche 16S-Referenzdatenbank für heimische Insekten aufzubauen und die bioinformatischen Ergebnisse mit denen von COI zu vergleichen. Dieser Vergleich soll an einem Datensatz von Stadtfledermäusen erfolgen.

Voraussetzungen

- Immatrikulation in einem naturwissenschaftlichen Studium (bevorzugt Bioinformatik  o.ä.);

- ausgiebige Erfahrungen mit genetischen bzw. taxonomischen Datenbanken

- Begeisterung für Fledermäuse

- Zuverlässigkeit, Motivation und selbständiges wissenschaftliches Arbeiten am Computer

Für Auskünfte und weitere Informationen wenden Sie sich bitte an Frau Dr. Carolin Scholz (E-Mail scholz at izw-berlin.de<mailto:scholz at izw-berlin.de>), die auch die Betreuung der Arbeit übernehmen wird.

Frist: 15.12.2021

Ihre vollständigen und aussagefähigen Bewerbungsunterlagen, also Motivationsschreiben, Lebenslauf und alle relevanten Zeugnisse übermitteln Sie uns bitte direkt per Email (ein pdf Dokument).

Wir freuen uns auf Ihre Bewerbung.





The Leibniz-IZW is an internationally renowned German research institute. It is part of the Forschungsverbund Berlin e.V. and a member of the Leibniz Association. Our goal is to understand the adaptability of wildlife in the context of global change and to contribute to the enhancement of the survival of viable wildlife populations. For this purpose, we investigate the diversity of life histories, the mechanisms of evolutionary adaptations and their limits, including diseases, as well as the interrelations of wildlife with their environment and people. We use expertise from biology and veterinary medicine in an interdisciplinary approach to conduct fundamental and applied research - from the molecular to the landscape level - in close dialogue with the public and stakeholders. Additionally, we are committed to unique and high-quality services for the scientific community.

For the Evolutionary Ecology Department (BatLab), we are offering an unpaid Master's thesis on the topic:

"Assessment of COI and 16S for insect species identification to determine the diet of city bats".

Tasks

Cytochrome c oxidase I (COI) is a powerful marker for animal DNA barcoding that has good taxonomic resolution and a large reference database. However, when used for DNA metabarcoding, taxa abundance estimation and species recognition are limited due to primer bias caused by highly variable primer binding sites in the COI gene. Studies increasingly show that 16S is a potential alternative when it comes to reducing primer bias and obtaining better taxonomic resolution, but local reference databases are lacking.

One of the main tasks within this project is therefore to build such a 16S reference database for native insects and to compare the bioinformatic results with those of COI. This comparison will be done on a dataset of city bats.

Requirements

- matriculation in a natural science degree program (bioinformatics or similar preferred)

- extensive experience with genetic/taxonomic databases

- enthusiasm for bats

- reliability, motivation and independent scientific work on the computer

For information and further details, please contact Dr. Carolin Scholz (email: scholz at izw-berlin.de), who will also supervise the thesis.

Deadline: 15.12.2021

Please send us your complete and informative application documents, i.e. letter of motivation, curriculum vitae and all relevant references directly by email (single pdf).

We look forward to receiving your application.




Dr. Carolin Scholz
Leibniz Institute for Zoo and Wildlife Research
Department 1: Evolutionary Ecology
(030) 5168-513

University of Potsdam
Plant Ecology and Nature Conservation