[Stellenangebote] Masterarbeit: Ausschreibung Masterarbeit Bioinformatik, Betreuung Prof. Leser, HU Berlin

[Katharina Beier]

-------- Original-Nachricht --------
Betreff: 	[Bioinf Master] Ausschreibung Masterarbeit Bioinformatik
Datum: 	Wed, 09 Jul 2014 12:06:15 +0200
Von: 	Seyferth, Ulrike <Ulrike.Seyferth at fu-berlin.de>
An: 	'stellenangebote at lists.spline.de' <stellenangebote at lists.spline.de>



-----Ursprüngliche Nachricht-----
Von: Ulf Leser [mailto:leser at informatik.hu-berlin.de]
Gesendet: Dienstag, 8. Juli 2014 11:49
An: Seyferth, Ulrike; Sers, Christine; liam.childs at hu-berlin.de
Betreff: Ausschreibung Masterarbeit Bioinformatik




Sehr geehrte Frau Seyferth,

meine Gruppe an der HU/Bioinformatik schreibt in Kooperation mit der Charite/Prof. Sers die unten anhängende Masterarbeit aus. Haben Sie für solche Angebote nicht einen Mailverteiler oder eine Webseite?

Viele Grüße,
Ulf Leser


Offene Masterarbeit in der Bioinformatik
Thema: Erstellung eines Mutationspanels zur Erforschung Neuroendokrinen Tumoren
Betreuung: Prof. Leser, Bioinformatik, HU Berlin; Prof. Sers, Molekularpathologie, Charite Berlin

Hintergrund
Die derzeitige Beurteilung von pankreatischen Neuroendokrinen Tumoren (NET) beruht in erster Linie auf dem sogenannten Grading der WHO Klassifikation 2010. Damit ist aber eine Vorhersage über das wahrscheinliche Tumorwachstums nur sehr begrenzt möglich, was auch Therapieentscheidungen erschwert. In einem Kooperationsprojekt zwischen der HU Berlin, der Charite Berlin soll daher eine genauere molekulare Charakterisierung verschiedener NET Subtypen mit Hilfe von Next-Generation-Sequencing (NGS) erfolgen. Dabei werden ausgewählte Gene von Patienten im Hochdurchsatz sequenziert, der Mutationsstatus erhoben und mit dem bekannten Krankheitsverlauf korreliert. Von zentraler Bedeutung für den Ansatz ist dabei die Auswahl der zu sequenzierenden Gene (das Panel).

Aufgabenstellung
Der/die Masterstudent/in soll ein solches Panel, in Zusammenarbeit mit den BetreuerInnen, erstellen. Hierzu muss die aktuelle Literatur zu neuroendokrinen Tumoren analysiert und die Ergebnisse mit einschlägigen Mutationsdatenbanken und etablierten Erkenntnissen abgeglichen werden. Ziel dieses Schritts ist die Identifikation von Mutationen (SNPs, Copy Number Variations, kleinere INDELS, etc.) bzw. mutierten Genen, die in der NET Analyse relevant sein könnten. In einem zweiten Schritt müssen für Primer zur Sequenzierung der identifizierten Bereiche bestimmt werden. Die wissenschaftliche Herausforderung im Projekt besteht dahin, den Gesamtprozess soweit wir möglich zu automatisieren und insb. eine fundierte Entscheidung zu treffen, welche Schritte sinnvoll automatisierbar sind und welche nicht.

Betreuung
Die Arbeit wird in Kooperation zwischen dem Lehrstuhl für Wissensmanagement in der Bioinformatik der HU Berlin, Prof. Leser, und dem Institut für Pathologie der Charite, Prof. Sers, durchgeführt. Beide Gruppen haben bereits gemeinsam ähnliche Panels für andere Indikationen erstellt und können den/die Masterstudenten/in daher umfangreich in Fragen der Recherche und Bewertung unterstützen. Auch kann auf verschiedene bereits integrierte Datenbanken, Software und Text-Mining Verfahren zurückgegriffen werden.



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Dateiname   : bioinformatik_masterarbeit.pdf
Dateityp    : application/pdf
Dateigröße  : 83737 bytes
Beschreibung: nicht verfügbar
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