[Stellenangebote] Postdoc/IT specialist for Next-Generation Sequencing Analysis

[rongmiao at zedat.fu-berlin.de]

------------------------ Ursprüngliche Nachricht -------------------------
Betreff: Postdoc/IT specialist for Next-Generation Sequencing Analysis
Von:     Sebastian Köhler <sebastian.koehler at charite.de>
Datum:   Fr, 16.09.2011, 13:01
An:      stellenangebote at lists.spline.inf.fu-berlin.de
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Stelle eines Programmierers
Wir setzen Hochdurchsatz Sequenziertechnologien der nächsten
Generation bei der Suche nach neuen Krankheitsgenen erfolgreich ein.
Die einzelnen bioinformatischen Analyseschritte bei der Bearbeitung
der "short sequence reads" vom base calling, über das alignment, hin
zum "variant call" und der molekulargenetischen Klassifizierung der
identifizierten Sequenzvarianten sind in unserer Gruppe bereits
etabliert. Wir wollen nun die Sequenziertechnologie der zweiten
Generation in die molekulargenetische Routinediagnostik überführen.
Hierfür suchen wir einen erfahrenen Programmierer, der beim Aufbau
einer Analysepipeline zur Datenauswertung mitwirkt, die letzlich von
unserem technischen Personal bedient werden soll. Die Aufgaben umfassen
die Analyse und Qualitätskontrolle von NGS-Daten sowie die Administration
eines
Linux-Clusters und -Netzes. Eine Teilnahme an wissenschaftlichen Projekten
innerhalb des Institutes für Medizinische Genetik und Humangenetik der
Charite ist
möglich.

formale und fachliche Voraussetzungen:
Abgeschlossenes Studium der Bioinformatik oder Informatik

persönliche, methodische und soziale Kompetenzen:
Programmierkenntnisse in C oder C++, Java, Datenbanken,
Netzwerkadministration. Erfahrung in der Software-Entwicklung.
Erfahrung mit dem Eclipse-Modeling-Framework erwünscht aber keine
Voraussetzung.


software engineer position
We are currently applying high-throughput sequencing techniques for
disease candidate gene identification in patients with rare monogenic
disorders. All components of the bioinformatic data analysis from base
calling,
over short read alignment to variant calling and classification of the
detected variants are established in our lab. We will now translate second
generation sequencing techniques into the routine diagnostics setting for
human genetics.
We are looking for an experienced software engineer to help develop
an integrated analysis pipeline, that will be used by our lab
technicians. Tasks include analysis and Q/C of NGS data as well as the
administration of a linux cluster and network. Participation on scientific
projects of the Institute for Medical Genetics and Human Genetics is
possible.

Requirements:
Degree in bioinformatics or computer science

Ability to program in C, C++, or Java. Experience with relational databases,
system administration, and software development.
Experience with the Eclipse Modeling Framework would be a plus.

Apply to:
Peter.Krawitz at charite.de
peter.robinson at charite.de

Further information:
http://compbio.charite.de